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上海乐枫生物科技有限公司

一家专业从事水纯化和实验室分离纯化产品研发制造的高新技术企业

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新冠病毒研究用水系列四:测序仪用水对结果的影响
发布时间:2020-06-04        浏览次数:431        返回列表
 基因测序技术是一种基因检测技术,也被称为DNA测序技术,是进行分子生物学研究和基因改造的基础,也是解锁人类生命奥秘的重要方式之一。基因测序技术发展了40余年,已在众多领域被广泛应用,包括生物的基因组图谱绘制、物种进化演替过程、表观遗传学、疾病相关基因的确定和诊断等等。近年来,基因测序相关产品和技术由实验室研究演变到临床使用,为我们理解人类生物学特征和疾病,评估遗传疾病提供了关键性信息,所以说基因测序技术是下一个改变世界的技术毫不为过。

新冠病毒研究用水

    在新冠疫情期间,这项技术得到了更多人的关注。疫情爆发初期,在不到一个月的时间内,通过基因测序技术,新冠病毒(COVID-19)的基因组序列被公布,为分析武汉新型冠状病毒的进化来源、致病机制提供了手资料。不少国家也发起了COVID-19患者基因测序计划,以了解个人基因对病毒感染反应的影响,这项研究的数据将为患者护理及药物处方提供信息,未来还可以帮助疫苗设计,从而拯救更多生命。 

基因测序流程

    整个测序环节中,从样品收集到上机测序,水贯穿了包括测序仪的日常清洗维护和试剂配制在内的每一个环节。作为一个必不可少的基础试剂,水的品质对最终测序结果会产生显著影响。水中的杂质,如无机盐、有机物、核酸酶、颗粒物等,不仅会污染设备,缩短测序仪毛细管的使用寿命,而且还会降低DNA聚合酶的活性,最终干扰测序结果的准确性。

下面这些基因测序经常遇到的问题很有可能是使用的水有问题,快来看看你有没有中招…

Q1:DNA测序样品用什么溶剂溶解比较好?

溶解DNA测序样品,使用超纯水溶解。

原因: DNA的测序反应的原理其实就是Taq酶的聚合反应,需要一个的酶反应条件。如果溶解DNA样品的溶液含有过多的盐,会影响测序反应体系,造成Taq酶的聚合性能下降,干扰测序反应甚至无法产生信号。

纯水应用Tips: 超纯水机采用基因测序专用超纯化柱,RephiLe独创配方填料的低镁型纯化柱,可以特异性去除水中的镁离子,降低空白本底对测序反应体系的影响。

Q2:测序结果怎么没有峰图呢?

原因:模板被降解,罪魁祸首可能是测序使用的水中含有核酸酶。

纯水应用Tips: 制备超纯水的超纯水机需要带有终端滤器,如乐枫生物的RephiBio终端滤器,可以去除DNA酶和RNA酶。

Q3:为什么测序峰图出现了“瀑布效应”?

瀑布效应

“瀑布效应”是基线突然从高处下降的现象。

原因:样品被有机物污染,有机物会被激发产生荧光,抬高基线。

纯水应用Tips: 使用带有TOC检测系统的超纯水机,如乐枫Genie系列智能超纯水系统,有机物含量低于5 ppb,采用全氧化法设计的TOC在线监测系统,在线监测TOC含量,符合ISPE制药工程指南 / 美国药典USP等标准对于TOC检测的要求。

Q4:“钉子峰”如何避免?

钉子峰

“钉子峰”是A、T、C、G四个颜色的峰都被突然拔起,形成的尖锐峰形。

原因: 溶液中可能存在气泡或者颗粒,气泡和颗粒对激光全反射,形成“钉子峰”。

纯水应用Tips: 纯水机取水口配备0.22μm的终端滤器,测序之前使用超声波对超纯水进行脱气可以有效地防止“钉子峰”。

    乐枫生物Genie系列智能纯水系统以稳定的水质、智能的操作系统充分满足基因测序用水需求,在诸多应用到测序仪的实验室常常会看到乐枫生物Genie系列智能超纯水系统的身影。华大基因海外“火眼实验室”采用的超纯水机是Genie 系列的超纯水系统。

关于乐枫生物

    乐枫生物(Rephile Bioscience,Ltd.) 是一家专业从事高端水纯化和实验室分离纯化产品研发、设计和制造的企业,为高科技生物技术和生命科学领域的用户服务。乐枫公司着眼于全球发展,在中国、美国、法国、印度、南非等近20个国家建立了销售机构,同时也为国际大型公司提供OEM和ODM,产品销往包括欧美的近100个国家。成立十余年,乐枫持续投入研发,创立出了自己的产品品牌RephiLe(瑞枫),推出了多个新概念产品- 无线连接的Genie系列纯水系统和智能型大流量纯水工作站Super-Genie等。目前乐枫纯化柱填料配方齐全,也提供多款密理博纯水系统的兼容耗材。

 

关键词:纯水,超纯水,实验室,Genie纯水机,基因测序,测序峰图,乐枫

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